Historien om statens flag Mississippi omfatter statens løsrivelse fra EU, genopbygning, og en stemme i det 21. århundrede for at ændre det gamle design. Mississippi havde ikke et flag på rekord indtil det løsrev sig fra Unionen i 1861 og skabte en til at repræsentere den nye suveræne nation af Mississippi. I 1894, staten lovgiver besluttet at oprette et nyt flag til at falde sammen med statens sted i det genforenede land. Denne flag havde tjent som den officielle statslige flag Mississippi for 107 år, når en afstemning blev afholdt, om ikke at ændre den traditionelle design.
Afgørelsen af befolkningen i Mississippi for at løsrive sig fra Unionen bedt behovet for en stat flag Mississippi. De oprindeligt vedtog Bonnie Blå Flag, der var blevet anvendt af den tidligere Republik Florida. Dette flag var simpelthen en blå baggrund med en hvid stjerne i midten og var kun den officielle flag i et par uger. Lovgiver hurtigt ændret det ved at flytte den blå firkant og hvide stjerne til hjørnet af en hvid baggrund, tilføjer en magnolia træ til midten og en rød bar til siden.
Når stater blev genforenet i slutningen af borgerkrigen, Mississippi skabt en ny flag med en konfødererede kamp flag i hjørnet og en rød, en hvid og en blå stribe går på tværs af det. Dette flag sendt en blandet budskab om dens oprindelse. For eksempel den konfødererede kamp flaget så for de fleste mennesker som et symbol på Mississippi medlemskab i Sydstaterne, men den officielle beskrivelse af flag kalder det en Union Square. Der er 13 stjerner, der fylder korset, der kunne symbolisere enten 13 originale kolonier eller de 13 stater, der var en del af Konføderationen.
Denne form for tvetydighed i betydningen af statens flag Mississippi fået nogle mennesker til at sætte spørgsmålstegn ved dens gyldighed i det 20. århundrede. I 2001 guvernør Musgrove underskrevet en lov, der giver befolkningen i Mississippi til at stemme til enten beholde det gamle flag eller skifte til et nyt design, der ville medføre mindre kontrovers. Det nye design havde de samme røde, hvide og blå striber, men hjørnet firkant ændret til en blå baggrund med 19 små stjerner og en stor stjerne, som repræsenterede Mississippi og de 19 andre stater, der var en del af Unionen i 1817. En overvældende flertal stemte for staten flag Mississippi at forblive som det havde været i over 100 år.
- Mississippi skabt et flag med en konfødererede kamp flag i hjørnet, når staterne var reunitedfollowing afslutningen af borgerkrigen.